La guerra in Bosnia Erzegovina inizia nel marzo 1992, due mesi dopo la fine delle ostilità in Croazia (agosto 1991-gennaio 1992). Dal settembre 1991 il Partito Democratico Serbo (Sds), guidato da Radovan Karadzic, proclama l'autonomia della parte serba del territorio bosniaco: una vera e propria forzatura politica, in quanto le popolazioni serbe, croate e musulmane vivono da tempo mescolate fra loro, con molti matrimoni misti. A dicembre il parlamento bosniaco risponde proclamando la sovranità territoriale della Bosnia Erzegovina e annunciando per il febbraio successivo un referendum per l'indipendenza dalla Jugoslavia: la consultazione dà ragione alle aspirazioni bosniache, anche se viene disertata in maniera pressoché totale dalla comunità serba.
La situazione precipita, tanto che viene creata dall'Onu l'Unprofor, una forza di caschi blu a cui è affidato il mantenimento della pace. Inutilmente, però, visto che a marzo inizia la guerra vera e propria: truppe dell'Sds bombardano la città di Bosanski Brod e la regione della Bijeljina, cacciandone gli abitanti musulmani e croati. Il 5 aprile cecchini serbi sparano su dei pacifisti a Sarajevo, causando decine di vittime; contestualmente comincia un duro assedio alla capitale. Un avvenimento che fa scattare, il giorno dopo, il riconoscimento dell'indipendenza della Bosnia Erzegovina da parte della comunità internazionale, ancora una volta dimostratasi non all'altezza nell'impedire lo scoppio del conflitto.
Le forze serbo-bosniache creano un proprio stato, la Repubblica Serba di Bosnia (Republika Srpska), che copre il 70% del territorio bosniaco e che si dota di un proprio esercito, arruolando molti membri dell'ex esercito federale ritiratosi dalla Croazia: la capitale viene fissata a Pale, a sud di Sarajevo. Comincia così la pulizia etnica contro la popolazione croata e musulmana che viene uccisa, deportata e spogliata di tutti i propri beni. Da parte loro, i croati di Bosnia, guidati dall'Unione Democratico Croata (Hdz) capeggiata da Mate Boban e appoggiata dalla Croazia di Franjo Tudjman, proclamano il 3 luglio 1992 la Comunità Croata di Herceg Bosna (Hrvatska Republika Herceg-Bosna), dotata di un proprio esercito che controlla il 10% del territorio. I musulmani sono invece guidati dal Partito per l'Azione Democratica (Sda), capeggiato da Alija Izetbegovic.
Le tre formazioni politico-militari concordano, tra mille ambiguità, sulla spartizione del territorio bosniaco su base etnica, senza tuttavia trovare un accordo sui confini. Contro la divisione del paese c'è però il 25% dei bosniaci, soprattutto abitanti delle grandi città (Sarajevo, Mostar, Tuzla, Zenica), da sempre abituate alla pacifica convivenza tra le etnie. Un'opposizione che obbliga Sda e Hdz ad accettare un governo di unità nazionale con i partiti antinazionalisti, sulla base della difesa dell'integrità territoriale della Bosnia. Ma le tensioni tra croati e musulmani non solo non diminuiscono, ma, nell'ottobre 1992, sfociano addirittura in scontri armati: le forze croate cercano infatti di assicurarsi il controllo di una parte della Bosnia centrale. A novembre il governo di coalizione viene sciolto e al suo posto sorge un esecutivo dove compaiono solo i due partiti nazionalisti in conflitto: l'Hdz e l'Sda.