Il 3 settembre 1992 viene varata una Conferenza Permanente sull'ex Jugoslavia, capeggiata da un mediatore dell'Onu e uno dell'Unione Europea, che il 2 gennaio 1993 produce il cosiddetto Piano Vance-Owen: la Bosnia deve essere divisa in tre macroregioni su basi etniche. Una soluzione che viene accettata a denti stretti dai musulmani, ma rigettato in toto dalla comunità serba, in quanto non c'è contiguità territoriale nella parte a lei assegnata. Solo la parte croata può dirsi soddisfatta, tanto che, dopo essersi alleata con l'Sds serbo, lancia nell'aprile 1993 una seconda offensiva militare nei confronti dei musulmani per ottenere sul terreno quanto stabilito dalla Conferenza. La guerra si protrae fino al febbraio 1994, con scarsi risultati a favore dei croati, ma con molteplici atrocità contro le popolazioni civili da una parte e dall'altra e atti di distruzione contro abitazioni e monumenti: la vittima più celebre è sicuramente lo storico ponte di Mostar, un vero e proprio simbolo di convivenza civile, fatto saltare dalle truppe croate nel novembre 1993.
A questo punto la diplomazia internazionale cambia strategia e obbiettivi: la strada della regionalizzazione della Bosnia viene ora abbandonata, a favore della creazione di tre ministati bosniaci, come stabilito dal nuovo piano Owen-Stoltenberg. Belgrado e Zagabria accettano questa soluzione, tanto che nell'agosto 1993 viene prontamente proclamato lo stato croato di Herceg Bosna. Di fronte alla nuova situazione i musulmani si spaccano: l'Sda di Alija Izetbegovic, partito di governo, è favorevole alla creazione di uno stato bosniaco-musulmano, mentre gli schieramenti antinazionalisti, che controllano la Presidenza, si oppongono con forza. Centro della protesta è la città di Tuzla, importante centro agricolo-industriale, in cui la convivenza tra le etnie non è mai stata fonte di problemi. Appoggiato dalla diplomazia internazionale, fautrice della triripartizione del paese, Izetbegovic riesce tuttavia a prevalere, facendo anche ricorso a un blocco pressoché totale di viveri, medicinali e rifornimenti militari nei confronti della città ribelle. La direzione di Tuzla, sconfitta, si ritira dalla battaglia politica, senza tuttavia rinunciare al suo ruolo di opposizione e di coscienza critica nei confronti della dirigenza bosniaca.
La guerra croato-musulmana si rivela nel frattempo catastrofica per la parte croata, nonostante l'aiuto massiccio della Croazia di Franjo Tudjman, anche perché in soccorso della parte avversaria arrivano moltissimi soldati islamici provenienti soprattutto dal medioriente. La diplomazia internazionale (in particolar modo quella tedesca e quella Usa) riesce faticosamente a porre termine a questo filone del conflitto solo nel marzo 1994. Viene così costituita una Federazione Croato-Musulmana di Bosnia, mentre l'Herceg Bosnia continua a funzionare come stato a sé. Il fallimento della Conferenza Permanente porta alla creazione, nell'aprile 1994, di un altro organismo, il Gruppo di Contatto, che riunisce le maggiori potenze mondiali e che nel luglio successivo vara un ennesimo piano di pace basato sulla divisione della Bosnia tra Repubblica Serba di Bosnia e Federazione Croato-Musulmana, prevedendo il 51% del territorio alla federazione croato-musulmana e il restante alla Republika Srpska. Ma anche questo piano viene rigettato dall'Sds.